今天，昭通的这两个地方抢到了《人民日报》头版头条！

高等学校应当充分发挥学术委员会在学风建设方面的作用，支持和保障学术委员会依法履行职责，调查、认定学术不端行为。

10家医药企业2016年上半年业绩嘉事堂营业收入511252.25万元，同比增长38.75%净利润11598.94万元，同比增长29.25%2016年上半年嘉事堂继续以医药流通为主导，巩固并拓展药品流通与高值耗材业务双向发展，开展医保控费合作项目，不断复制GPO模式。PBM项目：公司在蚌埠、鄂州市的PBM项目相关落地工作有序推进，并与其他有合作意向的地区进行积极洽谈，以期取得新的进展。

海翔药业的培南类原料药及高端中间体产销呈现几何式增长，医药板块实现营业收入6.32亿，同比增长14.58%，实现净利润6,613万元，同比增长82.83%。其中嘉事堂营收与净利润实现较快增长，浙江震元净利润暴增255.24%，华仁药业净利润继去年下滑59.15%后，中报净利润下滑85.28%。佛慈制药坚持外抓市场、内强管理、开源节流、挖潜增效的工作思路，不断强化市场建设，加大营销工作力度，加快科研开发，稳步推进项目建设，拓展中药材种植及经营业务，加强内部管理和资金管控，从而保证了业绩的稳步增长。回看华仁药业2015年年报，其净利润降幅为59.15%。营业收入下降幅度较大，主要因子公司江西九州通股权已于2015年末完成转让，本期不再纳入合并范围。

据公告显示，净利润下降的主要原因，一是公司加大输液及腹膜透析液业务的市场开拓力度，销售费用相应增长;二是华仁药业及各子公司的经营性资金需求不断扩大，财务费用居高不下;三是不断加大研发投入，研发费用持续增加;四是医药商业公司亏损;五是华仁药业通过加强库存和应收账款管理，使存货和应收账款规模降低，减少了对经营资金的整体占用，减少了坏账及存货跌价的潜在风险。实现营业总收入511252.25万元，同比增长38.75%，实现归属于上市公司股东的净利润11598.94万元，同比增长29.25%。经典案例: Initial genome sequencing and analysis of multiple myeloma.Chapman MA,et al.Nature. 2011 Mar 24;471(7339):467-72.Cytoplasmic intron sequence-retaining transcripts can be dendritically targeted via ID element retrotransposons.Buckley PT,et al.Neuron. 2011 Mar 10;69(5):877-84.Identification of fusion genes in breast cancer by paired-end RNA-sequencing.Edgren H,et al. Genome Biol. 2011 Jan 19;12(1):R6. Genome-wide association mapping to candidate polymorphism resolution in the unsequenced barley genome.Cockram J,et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Dec 14;107(50):21611-6. Epub 2010 Nov 29.MHC class II transactivator CIITA is a recurrent gene fusion partner in lymphoid cancers.Steidl C, et al.Nature. 2011 Mar 17;471(7338):377-81. Epub 2011 Mar 2.Tumour evolution inferred by single-cell sequencing.Navin N,et al.Nature. 2011 Apr 7;472(7341):90-4. Epub 2011 Mar 13.备注: 是目前市场上最主流的测序仪器，demo case众多。

如果发生碱基配对，就会释放一个焦磷酸。文库制备: Fragment, Mate-pair (250bp-6kb)模板制备: SMRTbell™ library, 无需常规扩增，1kb以下的文库只需要500ng样品读长: 1000bp测序通量: 高灵活性的测序通量时间/run: 模板制备到 primary basecall analysis只需不到一天,一般只需要不到4个小时.碱基精确度: 准确率社会评价不高，2011年1月发表的NEJM杂志（关于海地霍乱的测序）在其supplementary提到它的单碱基准确率只有81-83%。8.PGM企业: Ion Torrent推出时间: 2010年主流型号: Ion Personal Genome Machine™（2010年）样品要求: 5 μg DNA，起始DNA体积不超过130μL测序原理: 半导体芯片测序该测序仪使用了一种高密度半导体小孔芯片。用RS系统可以远程快速获取数据和选择测序参数。

该芯片置于一个离子敏感层和离子感受器之上，每当有核苷酸分子被掺入时就会释放出质子，而离子感受器就会感受到这种信号，知道是哪一个核苷酸被掺入，从而读出DNA序列。根据我们的常识，这个孔太小了，激光无法从井的底部穿过去，从而无法激发脱氧核苷酸上的荧光物质。

带有荧光标记的脱氧核苷酸(A,T,C,G)被加入到每个小井里。文库制备: Fragment模板制备: 桥式扩增读长:1*35 bp2*100 bp2*150 bp测序通量:1*35 bp 120 Mb/run 2*100 bp 680 Mb/run 2*150 bp 1 Gb/run时间/run: 扩增测序总时间： 1*35 bp 4 hours 2*100 bp 19 hours 2*150 bp 27 hours碱基精确度: 90% bases higher than Q30 at 1*35 bp80% bases higher than Q30 at 2*100 bp75% bases higher than Q30 at 2*150 bp变异检测能力(DNA重测序方面):成本: N/A数据格式: 仪器$125,000/台，测序$750/run分析软件: *.bcl, FASTQ, BAM, *.vcf和*.csv.优点: 样品制备简单快速，在一台仪器上完成测序和数据处理。测序通量: 314芯片，10 Mb/run。文库制备: Fragment, Mate-pair模板制备: 单分子检测读长: 25-55 bp，平均35 bp测序通量: 21 to 35 Gb/run时间/run: 8 days碱基精确度: 20X覆盖度时一致性超过99.995%变异检测能力(DNA重测序方面): SNP, CNV成本: 仪器$999,000/台，测序$0.45-0.60/Megabase.数据格式: Raw data：srf或者sms格式分析软件: 推荐用Helisphere开放资源软件进行过滤比对优点: 真正的单分子测序，无需前期扩增，不引入偏向性;特别适合RNA-Seq或RNA直接测序的应用，因为它能直接测序RNA模板，而无需将其转化成cDNA。

提供：experiment specific, data-rich reports in industry-standard output formats containing both primary and secondary analysis data。测序的平台上有几万个小井，单个DNA聚合酶和要测序的DNA链固定在每一个小井里。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3‘-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止，终止点由反应中相应的双脱氧而定。文库制备: Fragment(185–210 bp)模板制备: PCR扩增读长: 314芯片，100 bp。

文库制备:无需建库，提供质粒、菌液、PCR产物等均可以模板制备:PCR扩增读长:500-1000bp测序通量:四种测序方式的每天通量：短片段测序36cm36min500bp 1,728,000bp/day。接着，所示，每个DNA环在反应液中高速扩增，形成一个纳米球（DNB），这样每一个DNA环大约扩增了200次。

备注: 行业领先的准确性实现了重要的生物变异检测，适合全基因组重测序、定向重测序和全转录组分析等应用。成本:$95,000 per machine, about $4 per reaction, 800bp per reaction,数据格式:*.bcf。

在获得病毒样本后三天的时间内，华大基因完成了对该新型大肠杆菌的基因组测序。T-RFLP：限制性片段长度多态性（terminal restriction fragment length polymorphism）。可靠的化学方法，可逆中止碱基边测序边合成法缺点: N/A经典案例: N/A备注: 特别适合扩增子测序、克隆检查和小基因组测序。但是我们知道光线是一种波，它会衍射，激光虽然不能完全穿过小孔照亮整个小井，但它能透过小孔而勉强照亮小孔附近很小的一个区域。数据由三部分组成，主要部分是reads和mappings，其次是assambly 和variations，summary report最少分析软件: Genome comparison tools、Format conversion tools、Annotation tools、Reference tools，在开发中的还有用于癌症基因组分析的肿瘤-正常样本比对工具和用于家族基因组分析的工具，还有大规模比对工具可以同时比对数百个基因组。在掺入了单个荧光标记的核苷酸后，洗涤，单色成像，之后切开荧光染料和抑制基团，洗涤，加帽，允许下一个核苷酸的掺入。

)时间/run:36 min-2 hours碱基精确度:99.999%变异检测能力(DNA重测序方面):heterozygous insertions and deletions,microsatellite, SNP, AFLP, T-RFLP,and LOH analysesAFLP：扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism),。速度快，一个测序反应耗时10个小时，获得4-6亿个碱基对。

使用TruSeq，100 ng–1 μg DNA测序原理: 边合成边测序这种测序技术通过将基因组DNA的随机片断附着到光学透明的表面，这些DNA片断通过延长和桥梁扩增，形成了具有数以亿计cluster的Flowcell，每个cluster具有约1000拷贝的相同DNA模板，然后用4种末端被封闭的不同荧光标记的碱基进行边合成边测序。在第一轮反应中，可以得到确定的碱基位点为：4、5、9、10、14、15位碱基等。

应此，底部的显微镜检测到的是一片黑暗。重复该反应过程，偏移一位碱基，使用较第一轮少一个碱基的引物进行反应，可以确定的碱基位点包括：3、4、8、9、13、14等，如此往复，直至偏移至引物的第一个碱基（即待测序列0位点碱基）。

然后把这些纳米球平铺到预先处理过的玻璃板上，形成纳米芯片。但DNA聚合酶的活性会在激光照射下逐渐减弱，不能无限长度的进行合成反应，因此DNA链的测序长度也是有限的。基因组随机打断成500bp随机长度的片段，两端接上接头，成环，限制性内切酶酶切，重复2次，最终连接成一个DNA环，现阶段4接头建库方法能够支持70bp单端测序（35bp双端测序）。SOLID在RNA和表观等文章应用也同样广泛。

*.abl分析软件:数据收集软件Data Collection v2.0 (随机提供)Manages your instrument setup, controls instrument operations, allows real-time data visualization, and performs diagnostics. New features include: - Auto-analysis with GeneMapper v3.5 and SeqScape v2.1 - FDA 21CFRpart 11 compliance (for US customers) - Flexibility to use any choice in dye set option - Additional optimized sequencing run modules covering more applications 序列分析软件Sequencing Analysis v5.1Designed to base-call; assign quality values; trim, display, edit and print DNA sequencing data using the KB basecaller 序列拼接和比较基因分析软件Seqscape v2.1Provides everything you need to perform resequencing applications such as VariantSEQr™ Resequencing System 自动化基因片段分析软件GeneMapper v3.5 Enables configurable, automated allele calling -- a plus for high-throughput genotyping and includes tools for SNPlex™ data analysis SNP分型数据管理软件BioTrekker™ v1.0 (optional data-mining tool)Provides a fast, powerful way to search for, retrieve, and manage millions of genotypes优点:测序金标准，读长长缺点:通量低，成本高经典案例:Sanger测序属于测序技术的金标准，文章众多备注:鉴于测序本身方法的局限，测序引物后10bp～40bp无法保证准确2.454企业: Roche推出时间: 2005年主流型号: Genome Sequencer FLX Titanium（2008年推出）样品要求: 5 μg of DNA，浓度≥300 ng/μL测序原理：焦磷酸测序在测序时，使用了一种叫做Pico TiterPlate（PTP）的平板，它含有160多万个由光纤组成的孔，孔中载有化学发光反应所需的各种酶和底物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。

无需PCR扩增，也避免了由此带来的bias。09年11月的WGS成本为$1726 （45×），$8005 （87×）数据格式: 基础文本格式，*.tsv。

这个终止子与Illumina的终止子可不一样，不是四色的，是单色的，也就是说所有终止子都标有同一种染料。通过DNB芯片的荧光显影结果及解码分析，我们可以确定每个DNB的核酸序列。

Heliscope在面对同聚物时也会遇到一些困难，但可以通过二次测序提高准确度。This technology attach random fragment of genome DNA to optically transparent surface.And by extention bridge amplification of the DNA fragments,it create a flow cell with 10 million clusters, each containing ~1,000 copies of same template. Then sequence by synthese using four kind of terminal-closed base with different fluorescent mark. This technology assures the high accuracy and one by one base sequencing, avoids special mistakes of sequence and can be applied for repeated sequence and homopolymer.文库制备: Fragment, Mate-pair (200bp-40kb)模板制备: 桥式扩增读长: 50SE,91PE,101PE 等测序通量: 25G/day时间/run: 91/101PE, 8-10 days ; 50SE, 3 days; 150PE, 15 days; 总体来说，策略不同，时间也有差别碱基精确度: Q30%≥80%。测序原理:双脱氧链终止法：Sanger法测序的原理就是，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)使之扩增，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)使之终止。每一种脱氧核苷酸在激化后分别能放出不同波长的荧光。

检测碱基替换突变的误差率非常低，~0.2%。此反应释放出的光信号实时被仪器配置的高灵敏度CCD捕获到。

浓度:75-150ng/ul;体积：50-200ul;DNA长度：大分子量双链基因组DNA，大部分超过20kb.测序原理: 边连接边测序采用了高密度DNA（玻璃板）纳米芯片技术和非连续、非连锁联合探针锚定连接（cPAL）技术来进行测序。八聚体寡核苷酸可竞争性与引物相连接（该寡聚体的第四位和第五位为荧光标记位点）。

这个焦磷酸在各种酶的作用下，经过一个合成反应和一个化学发光反应，最终将荧光素氧化成氧化荧光素，同时释放出光信号。标准测序36cm90min800bp 1,113,000bp/day。